对EDI影响较大的污染物包括硬度(钙、镁)、有机物、固体悬浮物、变价金属离子(铁、锰)、氧化剂(氯，臭氧)和二氧化碳(CO2)以及细菌。设计RO/EDI系统时应在EDI的预处理过程除掉这些污染物。在预处理中降低这些污染物的浓度可以提高EDI性能。
氯和臭氧会氧化离子交换树脂和离子交换膜，引起EDI组件功能减低。氧化还会使TOC含量明显增加，污染离子交换树脂和膜，降低离子迁移速度。另外，氧化作用使得树脂破裂,通过组件的压力损失将增加。铁和其它的变价金属离子可对树脂氧化起催化作用，永久地降低树脂和膜的性能。
硬度能在反渗透和EDI单元中引起结垢。结垢一般在浓水室膜表面发生，该处pH值较高。此时，浓水入水和出水间的压力差增加，电流量降低。EDI超纯水系统组件设计采取了避免结垢的措施。不过，使入水硬度降到最小将会延长清洗周期并且提高EDI系统水的利用率。悬浮物和胶体会引起膜和树脂的污染和堵塞，树脂间隙的堵塞导致EDI组件的压力损失增加。
有机物被吸引到树脂和膜的表面导致其被污染，使得被污染的膜和树脂迁移离子的效率降低，膜堆电阻将增加。
二氧化碳有两种效果。首先，CO32-和Ca2+、Mg2+形成碳酸盐类结垢，这种垢的形成与给水的离子浓度和pH有关。其次，由于CO2的电荷与pH值有关，而其被RO和EDI超纯水系统的去除都依赖于其电荷，因此它的去除效率是变化的。即使较低的CO2都能显著地降低产品水的电阻率。
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