反渗透设备试机完后，采用两种方法保护膜。设备试机运行两天(15～24h)，然后采用2%的甲醛溶液保养;或运行2～6h后用1%的NaHSO₃的水溶液进行保养(应排尽设备管路中的空气，保证设备不漏，关闭所有的进出口阀)。两种方法均可得到满意的效果。
反渗透设备中有残余气体在高压下运行，形成气锤会损坏膜常有两种情况发生。
设备排空后，重新运行时，气体没有排尽就快速升压运行。应在2～4bar的压力下将余下的空气排尽后，再逐步升压运行。
在预处理设备与高压泵之间的接头密封不好或漏水时(尤其是微滤器及其后的管路漏水)。当反渗透预处理供水不很足时，微滤发生堵塞，在密封不好的地方由于真空会吸进部分空气。应清洗或更换微滤器，保证管路不漏。应在流量计中没有气泡的情况下逐步升压运行，运行中发现气泡应逐渐降压检查原因。
由于膜浓水侧的无机盐的浓度高于原水，易结垢而污染膜。用加化学试剂的预处理水冲洗。因含化学试剂的水在设备停运期间可能引起膜污染。反渗透设备在准备关机时，应停止投加化学试剂，逐步降压至3bar左右用预处理好的水冲洗10min，直至浓缩水的TDS与原水的TDS很接近为止。
复合聚酰胺膜使用中普遍存在的问题，因为聚酰胺膜耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂，加上用户对微生物的预防重视不够，容易导致微生物的污染。
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