1、安装位置
紫外线杀菌器的安装位置一般离使用点越近越好，但也应留有从一端装进或抽出石英套管和更换灯管的操作空间。由于被杀死的细菌尸体污染纯水，因此要在紫外杀菌器后面安装过滤器。
2、流量
当工业纯水设备的紫外杀菌器功率不变、水中微生物污染波动较小时，流量对杀菌效果有显着的影响，流量越大、流速越快，被紫外线照射的时间就越短;细菌被照射的时间缩短，被杀菌的概率也因而下降。如工业纯水设备流量不变，源水中微生物污染水平高时，污染菌除去率也高，但工业纯水设备出水中菌检合格率可能下降。
3、水的物理化学性质
水的色度、浊度、总铁含量对紫外光都有不同程度的吸收，其结果是降低杀菌效果。色度对紫外线透过率影响最大，浊度次之，铁离子也有一定影响。紫外线杀菌器对工业纯水设备水质的要求一般为：色度 <15，浊度<5，总铁含量<0.3mg/L，细菌含量≤900个/ml。
4、灯管周围的介质温度
紫外线灯管辐射光谱能量与灯管管壁的温度有关。当工业纯水设备的灯管周围的介质温度很低时，辐射能量降低，影响杀菌效果。当灯管直接与低温的水接触时，杀菌效果很差。若灯管周围的介质温度接近0℃时，紫外线灯则难以起动并进入正常杀菌状态。若以灯管表面温度40℃时的杀菌效率定为100%，32℃及52℃时的效率则只有85%左右，所以通常将紫外灯管安置在一个工业纯水设备开口的石英套管内，以便使灯管与套管之间形成环状空气夹层，这样，既可及时散发掉灯管本身的热量，又可避免低温水对紫外灯管发光功能的影响，并使其周围的温度保持在25-35℃左右的最佳运行状态。
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