种子的呼吸是种子放置在种质资源库贮藏期间生命活动的集中和具体表现，种子的呼吸强度和种子的安全贮藏有密切的联系。呼吸作用对种子贮藏有两方面的影响。有利方面是呼吸可以促进种子的后熟作用，但通过后熟的种子还是要设法降低种子的呼吸强度；利用呼吸自然缺氧，可以达到驱虫的目的。不利方面是，在贮藏期间种子呼吸强度过高会引起许多问题：
1.旺盛的种子呼吸消耗了大量贮藏干物质。据计算，每放出1g二氧化碳必须消耗0.68g葡萄糖。贮藏物质的损耗会影响种子的重量和种子活力。
2.种子呼吸作用释放出大量的热量和水分。例如，每克葡萄糖氧化可产生0.5g水分，种子有氧呼吸释放的能量的44％，微生物分解种子时释放能量的80％转变成热能。种子堆是热的不良导体，这些水分和热量不能教发出去。使种子培湿度增大，种温增高，湿度与热量重新被种子吸收后，使得种子的呼吸强度提高。如此恶性循环最后造成种子发热霉变，完全丧失生活力。
3.缺氧呼吸会产生有毒物质，积累后会毒害种胚，降低或使种子丧失生活力。
4.种子呼吸释放的水汽和热量，使仓虫和微生物活动加强，加剧对种子的取食和危害。由于仓虫、微生物生命活动的结果放出大量的热能和水汽，又间接地促进下种子呼吸强度的增高。
因此，必须尽可能地在种子贮藏期间降低种子的呼吸强度，使种子处于极微弱的生命活动状态中。在种子贮藏期间把种子的呼吸作用控制在最低限度，就能有效地保持种子生活力和活力。一切措施(包括收获、脱粒、清选、干燥、仓房、种子品质、环境条件和管理制度等)都必须围绕降低种子呼吸强度和减缓劣变进程来进行。
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